第1问：
本工程招标文件中不妥之处和相应正确做法分别如下：
1-1. 不妥之一：通用措施费用项目均应以有竞争力的报价投标；
正确做法：通用措施费用项目中的安全文明施工费不得作为竞争性费用。
1-2. 不妥之二：最终按固定总价签订施工合同；
正确做法：实行工程量清单计价的工程，应采用单价合同。
第2问：
通用措施费用项目通常有：安全文明施工费，夜间施工增加费，二次搬运费，冬雨季施工增加费，已完工程及设备保护费，工程定位复测费，特殊地区施工增加费，大型机械进出场及安拆费，脚手架工程费。
第3问：
上述分包行为中的违法行为和相应理由分别如下：
3-1. 违法行为一：A单位将物业配套楼整体分包给B单位；
理由：物业配套楼包括主体结构施工，主体部分应当由施工总承包单位完成，不得另外委托其他施工单位完成。
3-2. 违法行为二：C单位未在施工现场设立项目管理机构；
理由：专业承包单位未在施工现场设立项目管理机构，未进行组织管理的属转包行为 (或应在施工现场设立项目管理机构/不能以包代管)。
3-3. 违法行为三：自行施工部分的主体结构工程劳务(含钢筋、混凝土主材与模架等周转材料)分包给D单位；
理由：施工总承包单位将建筑材料、构配件及工程设备的采购由其他单位或个人实施的行为属转包行为(或劳务可分包、主材不可分包)。
第4问：
A单位提出的四项索赔成立与否的判断：
4-1. 24天工期索赔成立: 不可抗力造成的工期延误应该由建设单位承担。
4-2. 88.4万元费用索赔不成立: 不可抗力造成的施工人员窝工，由施工单位承担。
4-3. 30.7万元费用索赔成立: 不可抗力造成的工程损失及修复费用由建设单位承担。
4-4. 22.5万元费用索赔成立: 设计变更造成的费用增加由建设单位承担。