1．2012年5月13日A房地产公司与B施工企业签订的《建设工程施工合同》无效。理由：按照《工程建设项目招标范围和规模标准规定，商品住宅属于必须招标的项目，施工单项合同估算价在200万元人民币以上的，必须进行招标。因此，2012年5月13日A房地产公司与B施工企业签订了《建设工程施工合同》，承包的施工项目属于依法必须招标的项目。但双方在签订合同时尚未进行公开招标，违反了《招标投标法》第3条规定，订立的合同无效；同时，其第45条规定，应由招标人向中标人发出中标通知书，故招标投标管理站发出不正确。
2．如果最终无法协商一致，应当以仲裁作为解决争议的最终方式。理由是：虽然双方签订的《建设工程施工合同》无效，但双方约定的仲裁条款是有效的，《合同法》第57条规定，合同无效、被撤销或者终止的，不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款的效力。《仲裁法》第19条规定，仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。《仲裁法》第17条规定了仲裁协议无效的情形：有下列情形之一的，仲裁协议无效：(1)约定的仲裁事项越出法律规定的仲裁范围的：(2)无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立仲裁协议的；(3)一方采取胁迫手段，迫使对方订立的仲裁协议的。仲裁协议的订立无上述情况，则不论双方订立的建设工程合同是否有效，仲裁协议仍然有效。双方约定以仲裁作为解决争议的方式，则排除了法院对争议的管辖，当事人只能以仲裁作为解决争议的最终方式。C仲裁委员会应当受理仲裁，县人民法院则应当不予受理。