1．(1)不妥之处一：甲施工单位将其编制的施工组织设计报送建设单位。正确做法：甲施工单位将其编制的施工组织设计报送项目监理机构。
(2)不要之处二：施工组织设计经监理单位技术负责人审核签字。正确做法：施工组织设计应经总监理工程师审批。
(3)不妥之处三：施工组织设计经审核签字后，通过专业监理工程师转交给甲施工单位。正确做法：施工组织设计经审核签字后，由项目监理机构总监理工程师报送建设单位。
2．(1)不妥之处一：专业监理工程师接收乙施工单位提交的深基坑支护专项施工方案。正确做法：乙施工单位作为分包单位，其编制的深基坑支护专项施工方案应经甲施工单位(施工总承包单位)报送项目监理机构。因此，专业监理工程师应接收甲施工单位提交的专项施工方案。
(2)不要之处二：专业监理工程师接收并审核批准了深基坑支护专项施工方案。正确做法：根据《建设安全生产管理条例》规定，深基坑支护专项施工方案需经总承包单位技术负责人、总监理工程师签字后方可实施。
3．(1)在建工程损失26万元的经济损失应补偿给甲施工单位，因不可抗力造成工程本身的损失，由建设单位承担。
(2)施工单位受伤人员医药费、补偿金4．5万元的经济损失不应补偿给甲施工单位，因不可抗力造成承、发包双方人员的伤亡损失，分别由各自负责。
(3)施工机具损坏损失12万元的经济损失不应补偿给甲施工单位，因不可抗力造成承包人机械设备损坏及停工损失，由承包人承担。
(4)施工机械闲置、施工人员窝工损失5．6万元的经济损失不应补偿给甲施工单位，因不可抗力造成承包人机械设备损坏及停工损失，由承包人承担。
(5)工程清理、修复费用3．5万元的经济损失应补偿给甲施工单位，因不可抗力增加的工程所需清理、修复费用，由建设单位承担。
项目监理机构应批准的补偿金额=26+3．5=29．5万元。
4．(1)不妥之处一：甲施工单位组织工程竣工预验收。正确做法：应由总监理工程师组织工程竣工预验收。
(2)不要之处二：甲施工单位向项目监理机构提交了工程竣工报验单。正确做法：总监理工程师组织工程竣工预验收，对存在的问题，应及时要求承包单位整改；整改完毕由总监理工程师签署工程竣工报验单。