甲公司的自然人股东乙与自然人丙签订《股权转让协议书》，约定乙将其在甲公司的所有股权转让给丙，转让交易价格为1.5亿元，一切税费均由丙承担。协议签订后，丙向乙支付部分款项，并办理了股权变更手续。后税务局发现该股权转让没有缴纳税款。对此，下列选项正确的有？()

虽然我国税收管理方面的法律法规对于各种税收的征收均明确规定了纳税义务人，但是并未禁止纳税义务人与合同相对人约定由合同相对人或第三人缴纳税款。税法对于税种、税率、税额的规定是强制性的，而对于实际由谁缴纳税款没有作出强制性或禁止性规定。《股权转让协议书》关于税费负担的约定并不违反税收管理方面的法律法规的规定，属合法有效协议，故A选项正确。
《个人所得税法》第9条第1款规定：“个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。”乙向丙转让股权，丙向乙支付部分款项，其中乙是该财产转让所得的所得人和纳税人，丙是支付所得的个人和扣缴义务人。《税收征收管理法》第69条规定：“扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。”故B、C选项正确。
《税收征收管理法》第88条第1款规定：“纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉。”可知纳税争议与处罚争议的救济程序不一样。乙关于纳税主体的争议必须经过行政复议，故D选项错误。
综上，本题正确答案为ABC。