集装箱运输的货运单证，主要有托运单（含场站收据）、装箱单、设备交接单和提单，提货单（进口）。
（1）托运单
由发货人或货代根据船公司印制的格式进行填制。船公司或其代理接受订舱后便在托运单上加列船名、航次及编号，托运人持托运单办理发货、报关等有关事项。当货物送至集装箱码头堆场或货运站时，由有关人员负责验收并在“场站收据”上签字。
（2）装箱单
装箱单既是详细记载每箱货物的具体资料，又是向海关申报的必要单证，还是货、港、船三方交接货物、编制船舶积载计划、制作舱单、装卸港（地）安排运输和拆箱作业不可或缺的资料。
（3）设备交接单
设备交接单是供集装箱所有人与用箱人、运箱人之间划分责任的依据，也是用箱人、运箱人进出港区、场站进行提箱、还箱的凭证。因此设备交接单应为一箱一单、箱单相符。如货运在运输过程中发生短缺残损，设备交接单是进行索赔及理赔的重要单证之一。
（4）集装箱提单
集装箱提单的内容与海洋提单有所区别，其含有集装箱的收货地点、交货地点、集装箱号和铅封号等内容。对整箱货，提单上所列的货物件数应为集装箱数，同时还要将箱内所装的件数列名，一旦发生货损、货差，即按箱内件数索赔。
（5）提货单
进口收货人或其代理在受到“到货通知”后须持正本提单向承运人或其代理换取“提货单”然后向海关办理报关，经海关在“提货单”上盖章放行后，才能凭该单办理提货，提货时收货人或其代理要在提单上盖章以示承运人责任的结束。