【背景资料】某工程，施工过程中发生如下事件：
事件2：甲施工单位施工的设备基础(工作F)验收时，项目监理机构发现设备基础预埋件位置与运抵施工现场待安装的设备尺寸不一致。经查，是因设计单位原因所致。
设计单位修改了设备基础设计图纸并按程序进行了审批与会签，甲施工单位按照变更后的设计图纸进行了返工处理，发生费用5万元。处理该变更用时20d。甲施工单位在合同约定的时限内通过项目监理机构向建设单位提出了费用补偿5万元和工程延期20d的要求。
【问题】写出事件2中项目监理机构处理该设计变更的程序。