(1)构成和修复组织。蛋白质是构成机体组织、器官的重要成分，人体各组织、器官无一不含蛋白质。如肌肉组织和心、肝、。肾等器官均含有大量蛋白质骨骼、牙齿，乃至指、趾也含有大量蛋白质；细胞中，除水分外，蛋白质约占细胞内物质的80%。因此，构成机体组织、器官的成分是蛋白质最重要的生理功能。身体的生长发育可视为蛋白质的不断积累过程。这对生长发育期的儿童尤为重要。人体内各种组织细胞的蛋白质始终在不断更新。只有摄人足够的蛋白质才能维持组织的更新。身体受伤后也需要蛋白质作为修复材料。
(2)调节生理功能。机体生命活动之所以能够有条不紊地进行，有赖于多种生理活性物质的调节。而蛋白质在体内是构成多种具有重要生理活性物质的成分，参与调节生理功能。例如，核蛋白构成细胞核并影响细胞功能；酶蛋白具有促进食物消化、吸收和利用的作用；免疫蛋白具有维持机体免疫功能的作用；收缩蛋白，如肌球蛋白具有调节肌肉收缩的功能；血液中的脂蛋白、运铁蛋白、视黄醇结合蛋白具有运送营养素的作用；血红蛋白具有携带、运送氧的功能；白蛋白具有调节渗透压、维持体液平衡的功能；由蛋白质或蛋白质衍生物构成的某些激素，如垂体激素、甲状腺素、胰岛素及肾上腺素等都是机体的重要调节物质。
(3)供给能量。蛋白质在体内降解成氨基酸后，经脱氨基作用生成的－酮酸，可以直接或间接经三羧酸循环氧化分解，同时释放能量，是人体能量的来源之一。但是，蛋白质的这种功能可以由碳水化合物、脂肪所代替。因此，供给能量是蛋白质的次要功能。