【第1问】
1-1、不妥之处：甲乙双方通过协商修改了合同协议书、专用条款、通用条款签订了施工合同
正确做法：保持待签合同与招标文件、投标文件的—致性。相关法规规定了合同、招标文件、投标文件的一致性符合法律法规的相关规定，否则合同无效且将被责令改正。这种一致性要求包含了合同内容、承包范围、工期、造价、计价方式、质量要求等实质性内容。 
1-2、五个文件的解释顺序为：合同协议书、中标通知书、投标函、专用合同条款、通用合同条款。

【第2问】
2-1、预付款为（5800-580）×20%=1044.00（万元）。
2-2、起扣点为：（5800-580）-1044/60%=3480.00（万元）
2-3、3月份支付的工程款750×0.97=727.50（万元）。
4月份应当支付的工程款1000×0.97=970.00万元。
5月份累计完成工程的工程款为：180+500+750+1000+1400=3830万元＞起扣点3480万元
因此5月不仅仅扣除质保金还应当扣回预付款。
则5月份应当支付的工程款为：1400-1400×3%-(3830-3480）×60%=1400-42-210=1148.00（万元）。
3、4、5三个月累计支付工程款为：727.5+970+1148=2845.50万元
1～5月份累计支付进度款为:(180+500）×97%+2845.50=3505.10万元

【第3问】
3-1、物资采购合同管理的条款还有：数量、包装、运输方式、违约责任。
3-2、物资采购合同标的内容还包括：品种、型号、规格、等级等。

【第4问】
4-1、提出设计变更，由建设单位、设计单位、施工单位协商，经由设计部门确认，发出相应图纸或说明，并办理签发手续后实施。
4-2、按当地造价部门发布的工资标准计算停窝工人工费85万元的索赔：不成立；理由：由于业主的原因造成的停工、窝工，业主只负责停窝工人工费补偿标准，而不是当地造价部门颁布的工资标准。
     塔吊等机械停窝工索赔台班费5.1万元：不成立；理由：由于业主原因造成的机械停窝工费用也只按照租赁费或摊销费计算，而不是机械台班费。
     索赔工期10天：成立。理由：建设单位提出的设计变更属于建设单位的责任，延误的工期应顺延。