【背景资料】某城市建设项目建设单位委托监理单位承担施工阶段的监理任务，并通过公开招标选定甲施工单位作为施工总承包单位，工程实施中发生了下列事件：事件5：项目监理机构在检查甲施工单位的工程档案时发现缺少乙施工单位的工程档案，甲施工单位的解释是，按建设单位要求，乙施工单位自行办理了工程档案的验收及移交。在检查乙施工单位的工程档案时发现缺少断桩处理的相关资料，乙施工单位的解释是，断桩清除后原位重新施工，不需列入这部分资料。
【问题】分别说明事件5中甲施工单位和乙施工单位的解释有何不妥?对甲施工单位和乙施工单位在工程档案管理中存在的问题，项目监理机构应如何处理?