【答案】 
(1)存在的问题：
①过境道路穿越城市，不合理。
②城市主、次干道穿越铁路过多。
③东西向主干道偏少。
④沿河两岸，东西向联系道路偏少。
⑤铁路穿越市区，对城市影响较大。 
⑥铁路客运站内主干道穿越，不利于站线布局。
⑦铁路客运站、长途汽车站以及轮船码头布局分散，不利于交通换乘。
(2)修改建议：
①过境公路向西移至城市边缘，不再穿越城区，同时与城市在南北各预留一个出入口。
②考虑该市航运发达，客运、货运均有较好的基础，建议将客货混用的港口码头调整为客运码头和货运码头，货运码头布置在城市北部仓储区和工业区，客运码头布置在城市中部，靠近铁路客运站和长途客运站。
③完善道路交通系统，增加东西向主干道密度。
④加强沿河两岸东西向联系，增设过河主干道。
⑤铁路从城市北部穿过，或将铁路客运站规划为南北出入口，方便南北两区使用。
⑥减少干道穿越铁路。
示意性的修改图见图示：

【解析】
对照本案例中的文字内容和图示内容，逐个规划内容的分析，可以分为过境道路、城市道路、铁路、航运、其他交通设施等几个方面：
过境道路：穿越城市西侧市区，对城市内部交通和城市功能区的干扰较大，应由城市外侧经过。
城市道路：由图中可以看出，城市主、次干道穿越铁路过多，在工程上和经济上都是不合理的。东西向主干道偏少，在河流以东缺少东西向主干道，在河流以西东西向主干道的密度偏小，将造成整个城市的东西向交通不如南北向交通畅通。大的河流对城市发展的阻隔作用很大，如果大的河流穿越城市，必须加强两岸的联系。从图中可以看到该市两岸间的联系仅有南、北侧的两条城市主干道，偏少，应增加。
铁路：穿越城市，不合理，但是已经是现状，改线有一定难度。图中铁路客运站为南向出口，北侧城区使用很不方便，可将铁路客运站规划为南北出入口，方便南北两区使用，亦可在一定程度上带动北侧城区的发展。图中铁路客运站被城市主干道穿越，不利于站线布局。
航运：图中在城市西南侧、西江的上游设有一个码头，按照题目中楚字描述，该市航运中的客、货运均发达。在这种情况下，客、货运共用一个码头，不利于组织人流、货流，容易形成混杂、交叉，应将客运码头与货运码头分设。
其他交通设施：在图中可以看到，铁路客运站住于城市中部，长途汽车站位于城市南部，码头位于城市西南部，分散布置，不利于交通换乘。