进入新世纪以来，我国农民收入保持了年均6%以上的增长速度。但这一增长与城镇居民收入增长速度相比还有很大的差距。这其中原因很多，但起关键性作用的是，农业和农村发展仍面临着制度性因素的制约。主要表现在：
(1)农民进入市场的组织化程度低。改革开放以来，我们一直在倡导引导农民走向多种形式的联合与合作，但迄今为止，真正代表农民利益的新型合作组织发挥的作用还不够，普遍存在规模不大、管理制度不健全、改组解体过于频繁的问题。
(2)农民土地权益缺乏有效保障。农村改革以来，尽管我国一直在探索加强和扩大农民权利的途径，但农村土地制度仍不完善，农民的土地权利仍缺乏有效保障，侵犯农民土地权益的现象还大量存在。
(3)农业支持和保护制度不健全。一是农业支持和保护水平低，与财力增长状况不相匹配。二是农业支持和保护政策重点不够突出。三是农业支持和保护政策运作方式不规汜-w-，影响了整体效能的发挥。财政支农资金被层层分割，形成“天女散花’’的局面，资金使用分散现象比较严重，直接影响了投入效率。
(4)农村金融服务严重不足。我们不能单纯依靠市场来解决农村信贷需求问题，要综合运用财政杠杆和货币政策工具，引导各类金融机构延伸和发展对农村的金融服务，从而加大金融支持“三农”发展的力度。
(5)城乡居民享有的公共服务差距过大。长期以来，公共服务供给长期偏向城市，公共财政覆盖农村范围有限，导致城乡居民享有的公共服务差距过大。这也是造成城乡居民收入差距过大的重要原因。
(6)城乡劳动者平等的就业制度尚未形成。有关农民工的政策和管理制度还没有真正摆脱城乡分割的影响，与形成平等就业、城乡统一的劳动力市场还有相当的距离。